工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯（fàn）罪團夥時不幸被團夥成員發現，擊暈後喂了神奇的藥水，工藤新一（yī）變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間（jiān）諜武器。為了防止犯罪團夥對他進行（háng）報複，新一決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。一日，新一的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找（zhǎo）男友的下（xià）落，被小蘭撞見的新一情急之下（xià）編造了自（zì）己（jǐ）名叫江戶川柯南，隨後柯南寄（jì）居在了小蘭家。小（xiǎo）蘭的（de）父親毛利（lì）小五郎是一名私家偵探，新一可以籍著和他一起四出辦案一起追查黑夜人的（de）下落。柯南在小學認識（shí）步美等小學生，他們一