工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團夥（huǒ）時不幸被團夥成員（yuán）發現，擊暈後（hòu）喂了神奇的藥（yào）水，工藤新一變回了小孩！新一找（zhǎo）到了經常（cháng）幫助他的阿笠博士，博士為（wéi）他度身打（dǎ）造不少間諜武（wǔ）器。為（wéi）了防（fáng）止犯罪團夥對他進行報複，新一（yī）決定隱姓埋名，暗中追查（chá）他們，希望能得到解藥。一（yī）日（rì），新一的女友毛（máo）利蘭來到了阿笠博（bó）士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，隨（suí）後柯南寄居（jū）在了小（xiǎo）蘭家。小蘭的父親毛利小（xiǎo）五郎是一名私家偵探，新一可以籍著和（hé）他（tā）一起四出辦案一起追查黑夜人（rén）的下落。柯南在小學認識（shí）步美等小學生，他們（men）一